הפוגרום בקרקוב התרחש בשבת ה-11 באוגוסט 1945, וקדם ב-11 חודשים לפוגרום קיילצה. בפוגרום נרצחו רוזה ברגר ואנשל צוקר, ומספר אנשים נפצעו והועברו לטיפול בבית החולים. החוליגנים השאירו במקום כרוז המאשים את היהודים ברציחת ילדים פולנים למען הפולחן בהיכל מיודובה, והכרוז מסתיים במלים "אין מקום ליהודים בפולין".
וכך מספר וולף לרר על הפוגרום, בעדותו שנמסרה עוד במחנה העקורים בשנת 1947: "ההתנפלות הראשונה היתה על ביתי ברחוב מיודובה 26 מול בית הכנסת "קופה". בשבת של חודש אלול תש"ה (ספטמבר 1945) בבוקר הלכו שרידי יהודים להתפלל לבית הכנסת. אני אז לא הלכתי להתפלל, כי ערב לפני כן, ביום שישי, בזמן קבלת שבת, זרקו בריונים פולניים אבנים לתוך בית הכנסת, ולכן פחדתי ללכת להתפלל, ונשארתי בדירתי יחד עם בן דודי. בשעה 10 בבוקר שמענו פתאום צעקה "הורא, להכות יהודים!". בבית שלי היה קיבוץ של נערים יהודיים, והם הצליחו לברוח. לי ולבן דודי חסמו את הדרך לבריחה. החל מטר של אבנים שחדרו דרך החלונות. כל אבן עלולה היתה להרוג אדם. הצצתי החוצה וראיתי תמונה מחרידה: המון פולנים התאספו ברחוב מצויידים באלות וגם באקדחים. ברד של אבנים שבר את השמשות של בית הכנסת "קופה", וכל אולם התפילה נהרס. המתפללים שלא הצליחו להמלט מהר הוכו קשות, ואחר כך הציתו בריונים את בית הכנסת. אך הצליחו לאתר את השריפה ולכבותה. האנטישמיים הפולניים החלו לצרוח שבתוך בית הכנסת נמצאים מיכלים עם דם, שיהודים שחטו ילדים פולניים לצרכי הפולחן. רשעית אחת צרחה שהיא בעצמה ראתה 12 ילדים פולניים שחוטים. אחרת אמרה לא 12 אלא 38 ילדים, והשלישית צרחה ששחטו 90 ילדים פולניים. בגלל זה הם הציתו את בית הכנסת, בכדי שעלילת הדם תתקבל כדבר אמת שלא ניתן לערער עליה.
בדירתי היה קשה מאד להשאר, בגלל האבנים שחדרו בלי הרף דרך החלונות. בן דודי ואני הסתתרנו מתחת למיטה, בכדי שהאבנים לא יהרגו אותנו. ליד דירתי גרה משפחת פטשניק – משלושה אחים וגיסם שמעיה גדנסקי מפרושוביץ' (Poszowice), וגם היהודי משה רדזיניק הבריונים מצויידים בנשק פרצו לתוך דירותנו. אנחנו שכבנו מתחת למיטה וצעקנו שאנחנו "משלהם" ושיפסיקו לזרוק עלינו אבנים, אך כאשר חדרו הפושעים לדירתי הם צעקו לאספסוף שעמד בחוץ שהם תפסו את הרוצחים היהודים ששחטו את ילדינו. אני קיבלתי מהם בעיטות ברקה, ואיבדתי את הכרתי. לקחה דקה עד שהתעוררתי. הרגשתי כאבים איומים מהמכות שקיבלתי. עמדתי בפינה, נשען על קיר, חצי גוסס. תת קצין פולני הסתיר אותי ופנה לבריונים שיפסיקו להכות אותי, כי במילא אני כמעט מת. מרבית המכים היו שוטרים. חיפשתי בעיני את בן דודי בריש יוריסטה, וראיתי סמל רוסי עם הרבה מאד מדליות מכה אותו, ועומד להרוג אותו. הסמל צרח ברוסית: "אתם יהודים, אתם בוגדים, חבל שהיטלר לא גמר אתכם, אך אנחנו נגמור אותכם!". הגיעו הרבה רוסים. ניסיתי להגיד להם שאני אסיר משוחרר ממחנה ריכוז מאוטהאוזן. רציתי להראות להם את הניירות שלי, אך הם לא רצו לשמוע אותי. הם המשיכו להכות אותי. קיבלתי מכות מרוסים ומכות מפולנים. הרגשתי שאני לא בן אדם. כי בן אדם נורמלי אינו מסוגל לשאת מכות כאלה ופחד כזה. אני אמרתי לעצמי: עברתי את הגיהנום במאוטהאוזן וראיתי את הטבח ביער שם שנרצחו ונזרקו לבורות 50 אלף יהודים, אז אחזיק מעמד גם כעת, כשמתעללים בי בריונים פולנים ורוסים.
הבריונים הפולניים לא הסתפקו במהלומות ובמכות, אלא החלו גם לשדוד הכל מה שהיה בדירתנו. הם שדדו מאיתנו את כל הכסף שהיה לנו, והשאירו אותנו רק בחולצות שהיו על גופנו. בינם לבין עצמם דנו ביניהם מה לעשות עמנו. אחד הציע להריץ אותנו מחוץ לעיר ושם לתלות אותנו. הם הקימו אותנו ועמדו להריץ אותנו, אך ברגע האחרון אני הסתכלתי דרך החלון וראיתי שבחור מעיירתי פרושוביץ' עומד עם אדם בעל דרגה גבוהה בשלטון. שמו היה מאיר גולדשטיין, אך בקרקוב קראו לו מריאן גולצ'ינסקי, והוא עבד במשרד בטחון פנים. הוא רצה להודיע לשלטונות על עלילת הדם, שהאשמה שהמציא האספסוף היא שקר וכזב. הצלחתי להעביר מסר דרך אדם שהיה נראה לי כיהודי, שגם עבד במשרד הבטחון וביקשתיו שיעזור לי להודיע למריאן גולצ'ינסקי. הבחור הזה רץ מיד אליו, וקראו לו, והוא מיד הגיע… לולא הוא היו רוצחים אותנו ועוד הרבה יהודים אחרים שנמצאו אז בקרקוב. אחרי שהוא הגיע עם אקדח ביד, החלו הבריונים הפולנים לברוח, אך הוא את כולם אסר. לרוסים הוא הסביר שהסיפור על רצח של ילדים הוא עלילה שפלה ושקרית, והם השתכנעו. הם שינו את יחסם אלינו והלכו להכות את הבריונים הפולנים.
לכמה דקות חלה רגיעה. הבחור הביא חיילים פולנים שישתלטו על המצב, אך היה קשה להשתיק את ההמון צמאי הדם היהודי. הרבה יהודים הוכו באכזריות. אישה אחת נרצחה ליד בית הכנסת. כשראינו שכוחות הבטחון לא מצליחים להשתלט על ההמון המוסת, רצנו ועלינו לכלי רכב של הרוסים. הבחור מריאן גולצ'ינסקי עמד שם ושמר עלינו, ואנחנו נטשנו את הבית ברחוב מיודובה 26.
יוסף מרכוס, אחד ממתפללי בית הכנסת הקופה, בית הכנסת היחיד שפעל בקרקוב, סיפר על האווירה העוינת בעיר כלפי היהודים. בהיותו בדרך לסוקיניצה נתקל בשלושה יהודים שחבורת צעירים רדפה אחריהם, הציקה להם ודחפה אותם. בהמשך הדרך נתקל בשתי אחיות פולניות צעירות שהכיר בעבר שהפטירו לעברו "איזה יהודון נאה!" כשהגיע לביתו ברחוב דיוור (Dajwor) מס' 3 מצא שני אנשי מליציה שהצביעו לעברו ואמרו "זה האיש"! הוא העריך שכוונתם היא "שאני רצחתי את הנער המדומה". בדירתו מצאו מסתור: הרב ואשתו, דוד גוזיק – נציג הג'וינט האמריקני, זאב מנדל רופא ופעיל ציוני. והאיש ששיחד את שני אנשי המליציה. לדברי יוסף מרכוס הרקע לכל המתואר על ידו נבע מעלילת דם. שהתחילה בשמועה שכאילו ילד פולני נחטף נרצח וכאילו נמצא דלי מלא מדמו. מרכוס ניסה לשכנע את שכניו שלא נחטף שום ילד ובטח ששום ילד לא נרצח ולראיה אין שום ילד נעדר ואין כל דלי מלא בדם… אך את הפולנים לא עניין הדבר הם החליטו להמתין לעיתון של יום שני ומה גדולה הייתה אכזבתם כשהכותרת בעיתון "עוצמתו של המחשך".
פלה לובסקי בלאט מוסיפה על אווירת הטרור ומתארת מה זה להיות יהודי בקרקוב באותה העת: "באוגוסט 1945 עברתי ברחוב מיודובה בקרקוב. מרחוק ראיתי התקהלות של אנשים. בלי לדעת מה קרה הלכתי בדרכי, לפתע מישהו מהקהל רץ בכיוון שלי וצעק: "זאת יהודיה תפסו אותה!". לא לקח הרבה זמן והמון אנשים התקהלו מסביבי וצעקו וקיללו. נבהלתי והייתי המומה ביקשתי "תנו לי ללכת".
יונס טורקוב כותב בספרו "אחרי השחרור" בפרק "קרקוב בעיניו של יהודי" כי בשבת, ה-11 באוגוסט 1945, פרצו בקרקוב פרעות אנטי-יהודיים. בשעה שבית-הכנסת ברחוב מיודובה 26 היה מלא יהודים שהגיעו לתפילת השבת, החלו להתכנס לפני שער בית-הכנסת חבורות של בריונים, ואלה הפיצו שמועות שהיהודים הרגו ילדים נוצרים, וכך עוררו מחדש את ההסתה של סיפורי עלילת הדת העתיקים.
המון פולני פרץ לבית הכנסת, פתח במעשי הרג, ורגם יהודים באבנים. הפורעים קרעו את ספרי התורה, הוציאו אותם לחצר ושרפו באש. את בניין בית הכנסת עצמו הציתו מבפנים. בו בזמן התנפל המון של בריונים פרוע על עוברי אורח יהודיים, והרביצו בהם מכות רצח. הם פרצו גם לדירות של היהודים ולמוסדות, היכו את תושביהם ושדדו כל דבר שנזדמן לידיהם. אפילו על יהודים לובשי מדי צבא התנפלו ולא חסו עליהם.
במקרה מסויים דפקו הבריונים באחת הדלתות. שקט פתאומי השתרר מכיוון שאיש לא נענה לדפיקות על הדלת. כעבור רגע ניגשה אל הדלת אישה יהודיה, בעלת הדירה, והציצה דרך חור המנעול החוצה כדי לבדוק אם הרוצחים כבר הסתלקו. באותו רגע פגע בעינה כדור אקדח, והיא נפלה מתה במקום. גם על יד תחנת החשמלית העירונית פיצחו בריונים את ראשה של יהודיה זקנה.
הבריונים החזיקו בידיהם רשימות מוכנות עם כתובות של דירות של יהודים, אפילו כאלה שנשאו שמות נוצריים. כאשר יחידות הצבא הפולני והמשטרה העירונית התאמצו להרגיע את ההמון הפרוע, נפתחה סידרה של יריות בכיוונם מחלונות הבתים השונים בסביבה. התפתח קרב ממש. קרבנות יהודים רבים נפלו, מתים ופצועים. מתוך רצון להציל את הרב הראשי של קרקוב – הרב לברטוב – העבירו אותו נציגי השלטונות לסביבה נוצרית, והסתירו אותו שם.
רק ביום השני הופיעו ברחובות קרקוב יחידות הצבא הרוסי, ושמו קץ לפרעות ביהודים. חובה לציין שביחידות הצבא הסובייטי, שיצאו לרחובות להיאבק בפורעים, שרתו גם יהודים רבים. הם לחמו במסירות נפש, ולבסוף הכריעו את הפורעים. נער פולני, מוכר עיתונים, סטניסלב ניאק, סיפר בחקירה שקצין פולני הורה לו להיכנס לבית הכנסת, ולצאת משם מיד בזעקה: "הצילו ! היהודים רצו לשחוט אותי!…" איש הצבא הפולני הורה לו גם לצעוק שראה בבית הכנסת ילד נוצרי שנרצח.
בספר "מאה שנות ציונות דתית" התפרסם מאמרה של ד"ר פנינה מיזליש על הפוגרום בקרקוב, וכך נכתב שם: "בשבת פ שופטים, 11 באוגוסט 1945, נערכו ביהודי קרקוב פרעות שנפתחו ביידוי אבנים על בית הכנסת שברחוב מיודובה. כשהמצב החמיר תפסו חיילים יהודים שהתפללו שם את אחד הפורעים ולקחו אותו למשטרה. אז התפרצו לתוך בית הכנסת פורעים, בעידודם של התושבים המקומיים, ירו והכו ביהודים וחיללו ספרי תורה וספרי קודש אחרים. המשטרה אסרה את המתגוננים, ונחשול הפורעים התפשט על פני כל העיר.
אך ה"הוועד המרכזי" [הזמני של יהודי פולין, Centralny Komitet Żydόw Polskich, שבראשו עמד ד"ר אמיל זומרשטיין] לא התערב, הן משום שמפאת מחויבותו לשלטונות לא יכול להגיב על התנפלויות הפולנים על בית כנסת, והן משום שלא יכול היה להודות בעובדה שיש יהודים המתפללים בבית הכנסת. שני הדברים הללו עמדו בסתירה גמורה לקונצפציה הבסיסית של ההנהגה הרשמית של יהודי פולין של חיים יהודיים חילוניים במדינה שלכאורה אין בה אנטישמיות. היחיד שהתערב להרגעת הרוחות היה הרב [משה] שטיינברג [שהיה רבה הראשון של העיר]. באותו היום נספו חמישים יהודים. חמישה עשר נפצעו קשה, בהם שני קצינים יהודים, ושנים עשר נגררו על ידי המשטרה ועקבותיהם נעלמו. הרוחות נרגעו רק כאשר הגיע הצבא הרוסי. בין המתגוננים שהצילו את שני ספרי התורה היחידים ששרדו בעיר היו חברי קיבוץ "תורה ועבודה", ובהם חיה מאשה מוסל והלה (חיה) לדרמן. לימים הן נפלו בכפר עציון."