בית כנסת של ר' אייזיק ר' יענקל'ס (יצחק יעקובוביץ) הוקם בתחילה כבית תפילה פרטי של פרנס הקהל בקז'ימייז' ר' יצחק יעקובוביץ', שקיבל רשיון לבנייתו בשנת 1638 מהמלך ולדיסלב הרביעי. בשנת 1644 הושלמה הבניה, כפי שמעידות הכתובות ביציע עזרת הנשים ועל הכותל המזרחי מתחת לקמרון, וזאת בשל הפסקת בניה במשך שנתיים בשל מחאתו של הבישוף של קרקוב ושל ראש מנזר הקנוניים שליד כנסיית בוז'גו צ'יאלה. בית הכנסת ניצב בפינת הרחובות יקובה ואיזקה, והיה הגדול והמפואר בבתי הכנסת של קז'ימייז'. צורתו מלבנית, חזיתו המערבית פונה לרחוב קופה, והכניסה אליו מוקמה בקיר הדרומי והותקן בה שער מקומר מאבנים מסותתות סיתות גס. מדרגות, ,שמלכתחילה היו כנראה מעץ, הובילו בחזית המערבית לעלייה אל עזרת הנשים. השטח הפנימי, רחב הידיים, עוטר בשפע קישוטים גיאומטריים; קמרון הקיף את אולם התפילה הגבוה ואת היציע המפואר של עזרת הנשים שמעל לפלוש, שדמתה בסגנונה לאכסדרות מקומרות מתקופת הרנסנס. מעזרת הנשים אפשר היה להשקיף אל אולם התפילה מבעד חמישה פתחים מקומרים הנתונים בין עמודים קורינתיים, שבראשם כרכוב מעוטר בצריחים דמויי אצטרובלים ונושא כתובת בעברית: 'ויזרע יצחק [שם המייסד] בארץ ההיא וימצא בשנה ההיא מאה שערים' (בראשית כו: יב), ושנת הייסוד. הכניסה מהפלוש שמתחת ליציע לאולם התפילה היתה ממוסגרת בשער מקושת, שלא שרד, ובצדי הקשת הכתובת: 'שאו שערים ראשיכם' (תהילים כד: ז). על מזוזות השער נקבעו שתי קופות צדקה זהות מאבן, בדמות שערים בעלי פסגות מקומרות בסגנון הבארוק. השער המערבי של בית הכנסת דמה בקווי המתאר שלו לזה שבחומה המקיפה את כנסיית ואוול. הבימה, שהיתה אחד המרכיבים הארכיטקטוניים הפנימיים הבולטים של בית הכנסת,לא נשתמרה. כנראה נבנתה לפי דוגמת הבימה שבבית הכנסת 'הישן' הסמוך: היתה ממוקמת באופן לא סימטרי בקרבת הכותל המזרחי, צורתה סוכת גן מרושתת מברזל, וניצבה על מסד רב-צלעות גבוה. גם ארון הקודש לא שרד. היה לו שער מקושט קטן נתון בסורג ברזל, שהקיף את מכלול הארון לרבות המדרגות שלפניו. מעליו נקבעו, זו מעל לזו, טבלות, שעליהן נחקקו כתר התורה ולוחות הברית עם עשרת הדיברות. במאה ה-19 נבנתה בחזית המערבית כניסה ראשית חדשה לבית הכנסת, וכי מן החלק הצפוני של הפלוש הוקצה אולם תפילה קטן לתפילה בימי חול. במהלך עבודות השיקום בבית הכנסת בשנים 1995-1994 שוחזר ארון הקודש באופן חלקי. במהלך אותן עבודות נחשפו, באולם התפילה ובעזרת הנשים, גם קטעים של ציורי קיר צבעוניים מן המאה ה-16 ועד המאה ה-20. אלה הם פרקי תפילות, לרוב בצירוף כתובות זיכרון לתורמים, הנתונים במסגרות מרובעות מקושטות. בחלק הצפונית של חצר בית הכנסת נבנה בשנת 1924 בניין הנהלת בית הכנסת, ששימש בין השאר בית מחסה לחירשים-אילמים. בחזית בית הכנסת השתרעה כיכר רחבת ידיים, שבה התנהל שוק דגים עד שנת 1939. אין מידע מדויק על גורלו של בית הכנסת במלחמת העולם השנייה. כשאר בתי הכנסת בקרקוב גם הוא נסגר וחדל למלא את יעודו, וקרוב לוודאי שנבזז ונהרס. אחרי המלחמה התגוררו בו יהודים שהגיעו לקרקוב מברית המועצות. משנות החמישים ועד אמצע שנות השבעים שימש את התאחדות הפסלים והציירים, אך אחרי שזו עזבה אותו הפך לחורבה. בשנת 1983 החלה החברה לשימור עתיקות בשיפוצו: המבנה והגג שופצו, וחלק מעזרת הנשים שוחזר, וכן שוחזר אולם התפילה הצפוני. כיום נמצא הבניין בבעלות הקהילה היהודית של קרקוב.
על פי מאמרו של אוגניוש דודה, בתוך: בתי כנסת עתיקים בקרקוב