בשנות הארבעים של המאה ה-17 נוסד האחרון שבבתי הכנסת העתיקים בקז'ימייז'. את שמו "קופה" קיבל בית הכנסת בשל העובדה שהוצאות בנייתו כוסו 'מקופת הקהל'. בית הכנסת נבנה סמוך לקטע הצפוני של חומת העיר, בין רחוב יקובה ופלאץ נובי ('הכיכר החדשה') של היום. בצידו מזרחי גבל בית הכנסת בבית מטבחיים, שעמד בפינת רחוב יקובה, מול בית העלמין היהודי, וממערב ניצבו בקרבתו בתי עץ קטנים, שהפרידו בינו לבין הטירה של משפחת יורדאן, שהיתה סמוכה ל-'כיכר החדשה'.
במאה ה- 18, משחדלה חומת העיר למלא את יעודה, הוגבהו קירות בית הכנסת, והאולם קיבל תוספת תאורה מחלונות שהותקנו בקיר הצפוני שלו (שהיה קודם צמוד לחומה). בו-בזמן גם כוסה אולם התפילה בקמרון עץ חצי גלילי. לאורך יותר ממחצית הקיר המערבי הוספה מבואה, ומעליה הוקמה עזרת נשים, אליה הוליכו מדרגות עץ חיצוניות.
בשנות השלושים של המאה ה-19 שוקם בית הכנסת שיקום יסודי, שבוצע על בסיס תכנית משנת 1830, אותן הכינה מחלקת הבנייה של העיר החופשית קרקוב. מפלס הרצפה הוגבה, לקירות נבנו פסגות, המבואה הישנה הקטנה חוסלה, ובמקומה נבנתה מבואה חדשה לאורך כל הקיר המערבי של בית הכנסת. הוקם בניין נוסף דו-קומתי, שבו הותקנו שתי כניסות בהתאם לחלוקת שטחו לשניים: בצד המזרחי היתה מבואה אל אולם התפילה, שחובר אליו בשער כניסה; בצד המערבי נבנו מדרגות לעלייה אל עזרת הנשים החדשה, המערבית, שתפסה את הקומה הראשונה של הבניין. באולם התפילה הותקנו שני יציעים, דרומי וצפוני, נסמכים על עמודי עץ. החלון הדרומי שבכותל המזרחי הוזח אל קצה היציע הדרומי.
במרווחי הפתחים שביציעים הותקנו מעקות, ומעל היציעים הצדדיים נבנתה מקמרת עץ חדת קשתות, שקושטה בעיטורים ניאו-גותיים. הכותל המזרחי והמערבי, היציעים והתקרה קושטו בציורים; ציורי הכתלים היו על מוטיבים מבית המקדש. גם הבימה מרובת הצלעות שופצה וחודשה באותה עת, כפי שמלמד התאריך תקצ"ד (1834) הכתוב על הדגל המתנוסס עליה.
קירותיו החיצוניים של בית הכנסת שופצו ועוצבו בצורה צנועה אבל אחידה: פתחי החלונות מוסגרו בחצאי עיגולים, סגנון זה נעשה לימים מקובל באדריכלות היהודית. בסגנון דומה גם עוצבו קירות הבניין שעמד מאחורי הקיר המזרחי של בית הכנסת, ואשר צורף אליו במרוצת הזמן.
בשנת 1884 הוסף לבניין זה אגף צפוני, ומדרגות הופנו דרכו לקומה העליונה, אל עזרת הנשים. בסוף המאה ה-19 צורף לבית הכנסת הבית שהיה צמוד אליו מצד מזרח, לאחר ששופץ באופן יסודי ונבנו מדרגות חדשות אל עזרת הנשים הדרומית.
בשנות השלושים של המאה העשרים הוקמה גדר חדשה בעלת סורגי ברזל, נבנו מחדש הגזוזטראות והמדרגות, ובחזית הצפונית הוקמה מבואה נוספת בסגנון ניאו-רנסנס. באותן שנים גם הוספו ציורים צבעוניים חדשים בפנים בית הכנסת – בציורים מסיפור המבול, גלות בבל וציור של ירושלים, והתקרה קושטה בציורי גופים גיאומטריים סימטריים ובתוכם שנים-עשר מדליונים עם מוטיבים תנכיים.
בשנות הכיבוש הגרמני ניזוק בית הכנסת 'קופה' בצורה קשה. הבימה, המרצפת עם המדרגות ועמוד החזן שלפני ארון הקודש נהרסו כליל, ותשמישי הקדושה האמנותיים נעלמו. בשנים הראשונות אחרי המלחמה עדיין התקיימו בבית הכנסת תפילות. אך הוא מילא גם תפקידים אחרים: בשנים 1947-1946 פעלה בו מאפיית מצות, באחד מחדריו הוקמה משחטת עופות, בבניין האחורי, הצפון-מערבי, התגוררו משפחות יהודיות שהגיעו אחרי 1945 מברית המועצות. שנים רבות פעל במקום בית חרושת, מה שגרם להתרדרות במצבו.
בשנים האחרונות שופץ בית הכנסת, ציורי הקיר גולו מחדש, ארון הקודש חודש וכך גם עזרת הנשים, והמקום חזר לשמש בית כנסת לקהילה המקומית ולאורחים מזדמנים.
לפי מאמרו של אוגניוש דודה "בתי הכנסת העתיקים בקרקוב: בית הכנסת 'קופה'"
מתוך: קראקא-קז'ימיי\'-קרקוב: מחקרים בתלדות יהודי קרקוב, עורך: אלחנן ריינר