בבית תלת-קומתי ברחוב אגנישקי 5 ((sw. Agnieszki שכן בית הכנסת שנוסד בשנת 1887 על ידי התאחדות המתפללים והחסד על שם מיכאל הירש ציפריס, ואשר שימש כבית תפילה עד לכיבוש העיר על ידי הגרמנים בספטמבר 1939. בית הכנסת נחשב לאחד המפוארים בעיר, וקהל המתפללים בו נמנה על אמידי הקהילה.
אולם התפילה שבקומת הקרקע שימש לתפילת הגברים; מצידו השני של הקיר המערבי היה אולם לא גדול, אשר שימש בעיקר לסעודה השלישית בין תפילת מנחה לתפילת מעריב במוצאי שבת. בשני אולמות תפילה היה מקום לכ-500 איש. הקומה הראשונה שימשה את "עזרת הנשים", אשר יכולות היו להשקיף על תפילת הגברים באולם. בהפסקות שבין התפילות נהגו המתפללים, נשים וגברים כאחד, להתאסף בחצר האחורית של הבניין, ולנהל שיחות חולין.
בקיר המזרחי של אולם התפילה המרכזי היה קבוע ארון קודש, אליו הובילו שלוש מדרגות. ארון הקודש היה מכוסה פרוכת מבד משובח, מעוטרת רקמות יפיפיות. בלב אולם התפילה ניצבה במה עליה עמדו הקוראים בתורה. סביב הבמה ישבו המתפללים על יד שולחנות מכוסי מפות. על הקיר המערבי היה תלוי לוח זיכרון שחור, עם אותיות זהב ונורות זיכרון.
הדמויות המרכזיות בבית הכנסת היו החזן, יוסל'ה מנדלבאום, אחד החזנים המפורסמים בפולין אשר ניחן בקול עדין ונהדר, והשמש. כאשר החזן יוסל'ה היה נושא תפילה כשליח ציבור היתה דממה משתררת באולם, וכולם האזינו בקשב ובהנאה. שמש בית הכנסת, אשר כונה "חמל", היה גבר עב כרס, שדאג תמיד להשליט סדר בבית הכנסת. בניו נהגו להסתובב לצידו ולסייע לו בתפקידו. בשבתות ובחגים נהג "חמל" לחבוש שטריימל.
ההקפות בשמחת תורה היו מהאירועים החשובים והשמחים ביותר בבית הכנסת. כל מי שנקרא להשתתף בהקפה קיבל מידי השמש "חמל" שי – נר הבדלה צבעוני שזור. הורים שהשתתפו בהקפות באו מלווים בילדיהם, וכל הקפה הסתיימה בריקוד חסידי. בחגים הוגבלה הכניסה לבית הכנסת לבעלי כרטיסי כניסה בלבד, ושומרים פרטיים במדים עמדו בשערי בית הכנסת,ובדקו האם הנכנסים מצויידים בכרטיס מתאים.
בית הכנסת נהרס על ידי הגרמנים שכבשו את קרקוב, והוסר גם הלוח שהיה קבוע על הקיר החיצוני של הבנין. לאחר המלחמה, ועד היום, משמש המבנה כבית ספר מקצועי. לו היה בית הספר ממשיך לפעול היה חוגג השנה 120 שנה להיווסדו.