"עתיק הוא הבית, ועתיקים המנהגים שמתפלליו החזיקו ושמרו עליהם במסורת מקודשת מדור לדור. סדר הפילה לא נשתנה בו מאז היווסדו, ומנהגים מחודשים לא הונהגו בו. אחרי התפילה לא נאמרו לא שיר של יום ולא מזמורים אחרים.
במוצאי שבת, אחרי שהבדילו בציבור, היה השמש נותן לכל מתפלל נר קטן לסימן טוב, לפי נוהג קדום מהימים הרחובות לא היו מוארים וסכנה הייתה צפויה להולכים בחשיכה.
בכל יום ויום, לפנות בוקר, היה השמש דופק בפטישו ועורר את התושבים לתפילת ותיקין בקריאה "קומו יהודים לעבודת הבורא", וכל איש בעמיו היה רואה כבוד לעצמו שהשמש ידפוק במיוחד שלוש פעמים על תריס חלונו. במקרה של מוות בעיר היה השמש דופק רק פעמיים, לסימן אבלות.
אסור היה לשמש לפתוח את שערי בית הכנסת לתפילת שחרית לפני שדפק שלוש דפיקות בדלת, וזה ניתן האות לנשמות המתים, המתכנסות לפי המסורת בכל לילה לתפילת חצות, לעזוב את הבית.
בימי הסליחות היה קורא בוקר בוקר "קומו יהודים לסליחות", ובערב ראש השנה היה מוסיף לכרוו הרגיל נוסח מיוחד: "אבותינו, אברהם, יצחק, יעקב, משה, אהרן, דוד ושלמה, קומו לסליחות הקדושות, קומו, קומו, היהודים עודם בגלות.
לפני יום הכיפורים היה עליו לגשת גם לבית הקברות שעל יד בית הכנסת של הרמ"א ולהוסיף קריאה לגדולי הרבנים השוכנים במקום הזה, לרמ"א, לב"ח, לבעל התוספו יום טוב ולמגלה עמוקות, לקרוא בשמותיהם הפרטיים, ולהוסיף: "קומו להתפלל בעד עם ישראל".
בליל הושענא רבה היו שערי הבית סגורים, ולא היו נעורים בו לאמירת קון. בליל שמחת תורה היו מפסיקים אחרי שלוש וחצי הקפות, יושבים לארץ עם נרות קטנים ביד, ואומרים בציבור סליחה מיוחדת שחוברה לזכר אסון שקרה פעם ליהודי קראקא באותו לילה.
במשך דורות רבים היה הבית הזה ליבה של "עיר היהודים", בו נאספו בני העדה וראשיה לשמוח בחג ומועד, בימי מנוחה ורווחה, ולטכס עצה בשעת פורענויות וגזירות רעות.
בתקופה העתיקה קיימו כאן כל החתונות שבעיר, עד שקבעו את התקנה שזכות זו ניתנת לבית הכנסת שאבי הכלה מתפלל בו, ואם הכלה באה מחוץ לעיר עוברת הזכות לאבי החתן. כרגיל הייתה תערוכת לפידים מלווה את הזוג מבית ההורים עד לבית הכנסת דרך הסימטאות שבחלונויהן העלו אורות להרבות בשמחה.
גם בליל שמחת תורה עברה תהלוכה עליזה כזאת על פני העיר, בשעה שהוליכו את הרב אב"ד תחת חופה מהודרת להקפות, בליווי לפידים ושירים, עד לשערי בית הכנסת הישן. אולם בפנים בית הכנסת חדלו השירים, בהתאם לתקנה עתיקה לזכר הפרעות שקרו בלילה הזה.
שמחה דומה, שהשתתפו בה כל בני העיר, התקיימה גם בעת בחירת רב חדש וכניסתו לתפקיד. שלושה שמשים גבוהים היו הולכים לפניו תחת החופה, ולפידים בידיהם, הקהל מריע לכבודו, עד לבית הכנסת העתיק בו היה מתייצב לפני העדה, ודורש את דרשתו הראשונה. גם האישור הרשמי של הרב הוכרז בפומבי בבית הוועד שעל יד בית כנסת זה.
כאן התקיימו גם תפילות והודיות לגלי מאורעות חשובים בחיי המדינה. בקיץ שנת שע"ו (1616) הורו רבני קראקא להזכיר בתפילה במשך שבוע ימים "ותן טל ומטר לברכה", בגלל הבצורת שפקדה אז את הארץ ורעב כבד היה צפוי לתושביה. מקרה דומה קרה שוב בקיץ שנת שפ"א (1621), בימיו של מגלה עמוקות, והרב מנחם מנדל בכרך חיבר אז תפילה מיוחדת שנאמרה בבית כנסת זה.
בית כנסת העתיק נשאר המרכזי והראשי גם אחרי שנבנו בקז'ימייז' יתר בתי הכנסת המפוארים והוא שמר על "יחוסו" ועל מנהגיו מראשית היווסדו ועד חיסולו על ידי הנאצים.
מסורת הייתה רווחת בין התושבים, שרבנו אשר (הרא"ש) ז"ל עבר פעם בקראקא, לפדיון שבויים, והתפלל בבית הזה. משום כך ראו כל רבני העיר, ראשי ישיבויה וחשוביה, זכות וכבוד לעצמם להתפלל במקום הזה, ולדרוש מעל הבימה העתיקה הזאת. […]
בתקנון מיוחד נקבעו לא רק מנהגי בית הכנסת, אלא גם סדר חלוקת המצוות ל"חיובים" ומכירתם למתפללים. עלייה לתורה "לשלישי" צמודה הייתה לכהונת הרב אב"ד, ו"רביעי" – לראש הישיבה. אחד ממשרות הכבוד שעבד למכירה במחיר גבוה היה התואר "סגן", שתפקידו היה לעמוד ליד שולחן הקריאה ולהורות לשמש למי לקרוא לעלות לתורה. אולם, קרו מקרים שהסגן שינה את הנוהג על דעת עצמו, ומשום כך הותקנה בשנת שצ"ב (1632) תקנה מיוחדת.[…]
על פי יהודה לייב ביאלר: "קראקא – עיר סגולה" בתוך ספר קראקא