התמורות שחלו בשלהי המאה ה-19 בקהילות היהודיות במרכז אירופה הולידו, בין היתר, גם את הרעיון של שילוב החינוך המודרני עם חינוך יהודי לאומי במסגרת בית ספר עברי. תמורות אלו ובעיקר התגברותן של רוחות ההשכלה, חובת הלימוד הממלכתית, החשש המעמיק והולך מפני התבוללות וההתעוררות הלאומית-ציונית הביאו לקליטתו של רעיון זה גם בקרקוב.
ברם, כשנכשלו שני נסיונות להגשים את הרעיון (כבר בתחילת המאה ה-20 ניסו ד"ר מ. יונג וד"ר זלינגר להקים גימנסיה עברית בקרקוב, אך ללא הצלחה), התערערה אמונתם של רוב חברי "חברת בית הספר העברי היסודי" (חברה של חובבי ציון שהתארגנה עוד בשנת 1902), וראשי הצמרת הציונית בעיר התייחסו בספקנות רבה לעצם הקמתו ולסיכויי הצלחתו של בית ספר מסוג זה בקרקוב ולאורך ימים. עמדתם העויינת והבלתי מתפשרת של החרדים מזה ושל המתבוללים בזה – שני חוגים שהחזיקו ביחד ברסן השלטון בקהילה – נראתה כמחסום שאי אפשר להתגבר עליו. בשנת 1908 הצליח שלמה לזר (בעל מלאכה לייצור תיקים ומזוודות, ועליו אמרו ליצני קרקוב כי יזם את הקמו של בית הספר כדי לזכות בחוג לקוחות בין התלמידים הזקוקים לתיקים), ראשון חברי "חברת בית הספר העברי העממי" (מאוחר יותר שונה שם בית הספר ל-"חברת בית הספר העברי העממי והתיכון בקרקוב) לשכנע ולהפעיל מספר אנשים ובכך לגבור על המתנגדים והספקנים, ובשנת 1908 ייסדו את בית הספר.
משנפתח בית הספר, לקראת שנת הלימודים 1908/9 היתה בו כתה אחת ובה 30 תלמידים. תוכנית הלימודים כללה מקצועות בתחום היהדות, ואושרה בידי השלטונות. במשך 4 שנים נרשמו בבית הספר ולמדו בו, בהנהלתו של מ. ראט, כ-120 תלמידים, וזאת למרות הקשיים הרבים: החרדים הקיצוניים ערמו מכשולים בדרכם של ההורים המסורתיים שהעזו לשלוח את ילדיהם לבית הספר העברי; בית הספר נדד ממקום למקום – מחדר אחד לדירה שכורה של שני חדרים ומכאן לצריף, ומהצריף לדירה שכורה בת 3 חדרים ברח' גרטרודי 29. לא קל היה למצוא מורים מתאימים – בעלי הסמכה שבהם יכלו להורות רק אחרי הצהריים, משום שלפני הצהריים לימדו בבית ספר אחרים בעיר – ולעומתם היו מורים, ובעיקר מורים לעברית, שבשל היעדר הסמכה פורמלית לא השיגו רשיון להוראה למרות בקיאותם במקצועם. בעיה גדולה נגרמה גם בשל העובדה שלאחר 4 שנות לימודים ב"בית הספר העברי העממי" היה התלמיד הרוצה להמשיך את לימודיו חייב לא רק לעבור לבי"ס תיכון ממלכתי, אלא גם לעמוד שם בבחינות כניסה – מאחר ש"ביה"ס העברי העממי" טרם השיג את הזכויות של בי"ס מוכר. בשל היעדר בי"ס תיכון שיהיה המשך לביה"ס העברי העממי היו למעונינים קשיים גדולים ועליהם נוספו קשיי מימון, שמנעו מן החברה אפשרות לרכוש מגרש ולהקים בנין מתאים כדי לשכן בו את ביה"ס היסודי ואת ביה"ס התיכון.
הודות לאיסוף כספים, בעיקר על ידי הנשיא הראשון ש. לזר (נפטר ב-1921), נרכש בשנת 1913 מגרש ברחוב בז'וזובה מס' 5, ובשנה שלאחר מכן הוחל בבניה. בשנת 1918 נחנך הבנין הראשון של בית הספר. היה זה בנין של 3 קומות, 9 חדרי כיתות מרווחים ואולם התעמלות גדול במרתף, ולידו מבנה מנהלה קטן בן קומה אחת בחצר. הבנין הכיל את כל הכיתות של בית הספר העממי ואת הכיתה הראשונה של הגימנסיה שנחנכה באותה שנה, כיתה בת 15 תלמידים ותלמידות. בית הספר התייחד באווירה משפחתית מיוחדת במינה, שנתמזגו בה רעיונות, שאיפות ורגשות ובעיקר הרצון להעניק לתלמידים חינוך יהודי-לאומי, טיפוח אהבת העם, אהבת ציון ונאמנות לשפה העברית, יחד עם הנחלת תרבות אבותנו ותרבות העולם.
עתה הדפקו תלמידים רבים על פתחיו של בית הספר, כי אופיו הלאומי-ציוני, מתכונתו החילונית-מודרנית, ורמתו הגבוהה הלמו את מבוקשם של הורים רבים, והבניין הראשון נעשה צר מהכיל את כל מי שביקש ללמוד במוסד. תחילה הונהג לימוד בשתי משמרות, אך משגבר הביקוש הוקם בשנת 1924 בניין נוסף, ה-"פשיבודובקה", בצמוד לבניין הראשון. בשנים אלו, שנות נשיאותו של ד"ר קרנגל, חלה התפתחות נוספת: הגימנסיה זכתה בזכויות מדרגה ב', ובשנת 1926 נערכו בה בחינות הבגרות הראשונות (בחינות הבגרות בעברית נערכו בראשותו של נציג "המכון לחכמת ישראל" שבוורשה, על פי רוב ד"ר י. טהון).
אחד הגורמים העיריים שתרם לרמתו הגבוהה של בית הספר היתה רמתם האינטלקטואלית והמקצועית של המורים, האווירה הלימודית-חינוכית וגישתם הרצינית של מרבית התלמידים והתענינותם בפעילויות השונות, ובכלל זה פעילויות שלא במסגרת חובה. מגוון החוגים, הקורסים, החגיגות – שלקחו בהן חלק פעיל התזמורת לכלי נשיפה והמקהלה – המפעלים השונים, חדר תרבות, הספריה העברית והכללית, תחרויות הספורט השונות, טיולים בעיר ובמרחב הפכו לחוויות בלתי נשכחות. כל זאת, למרות עומס הלימודים שהיה גדול בכ-20% מאשר בבתי הספר הממלכתיים בשל היקפם של מקצועות היהדות (תנ"ך, דת, לשון וספרות עברית, דברי ימי ישראל – כולם בעברית – היה כ-10 שעות שבועיות, ואלה נלמדו בנוסף למקצועות שבמתכונת החובה בשפה הפולנית). האווירה הכמעט-ביתית ששררה בבית הספר ניזונה גם מפעולותיו של גוף חדש שהתארגן בשנת 1924 "ועד ההורים", שפעל בראשותה של לאורה טיגנר, ועסק בפעולות סעד שונות, סייע לתלמידים מעוטי יכולת במזון, ביגוד וכספים, ואף ארגן קייטנות בקיץ ומחנות חורף במקומות נופש בהרים.
המספר ההולך וגדל של התלמידים בבית הספר הביא לכך שכבר בסוף שנות ה-20 הונהג שוב הלימוד בשתי משמרות, וככל שהצליח בית הספר מבחינה כמותית-הישגית השתנה אופיו הבייתי. בשנת 1930 נפתרה בעיית הצפיפות, לאחר ועד בית הספר השיג את המימון הדרוש (בעיקר הודות לד"ר ח. הילפשטיין שהטיל תשלום מיוחד על ההורים, קיבל תרומות מהציבור היהודי בעיר והשיג הלוואות בנקאיות), והקים בניין שלישי מצידו השני של הבניין הראשון ברח' פודבז'זיה. הבנין החדש, שהיה מודרני ומרווח, בעל 4 קומות וקומת קרקע, הכל כמעט את כל כיתות הגימנסיה, חדרי המעבדות על ציודם המודרני, אולם להתעמלות ואסיפות, חדרי מנהלה וכיו"ב. עתה יכלו כבר להתנהל לימודיהם של מעל 1,000 תלמידים – מזה כ-600 בגימנסיה – במשמרת בוקר בלבד.
מתחילת שנות ה-30 החל שגשוגו הכמותי וההישגי של בית הספר והחלה תקופת הפאר שלו. אמנם נעלמה כמעט לחלוטין האווירה הביתית, אך היוזמות החדשות, ההכרה שזכה לה המוסד, ההתרחבות והדינמיקה של הפעילויות השונות במוסד, היו פיצוי רב משמעות. בין היוזמות החדשות בלטו שלוש: בתחום החינוך הדתי הוקם "בית המדרש נחלת אבות" (1931/32) על ידי תלמידים שומרי מצוות וביוזמת המורים נחמן מיפלב ונפתלי רובינשטיין. בית מדרש זה החל לפעול בחדר מיוחד בבית הספר שהוקצה לשם כך על ידי ההנהלה. ב"נחלת אבות" נערכו תפילות יום-יום, בחול ובשבת, חוג לתלמוד, טקסים וחגיגות "בר מצוה" של התלמידים, הקפות מסורתיות בחג שמחת-תורה. הנהלת בית הספר תרמה את ספר התורה, שהוכנס לבית התפילה בתהלוכה חגיגית של תלמידי ביה"ס, אשר צעדה בחוצות הרובע היהודי כשהתזמורת בראשה מנגנת מנגינות לכת חסידיות. מספר תלמידים שהתפללו בבית התפילה השתתפו גם בחוג לחזנות שהוקם בבית הספר.
בשנים אלו הסתעף בית הספר העברי גם לתחום החינוך הטכני-המקצועי: ביוזמת ועד "חברת ביה"ס העברי", בראשותו של ד"ר ח. הילפשטיין, הוקם, בשנת 1933, בית ספר למלאכה לבנים בצד ביה"ס העממי והגימנסיה העיונית, ויכלו ללמוד בו תלמידים מגיל 14 אשר סיימו 7 כיתות לימוד (4 בבית הספר היסודי ו-3 בתיכון). בית הספר שכן בבניין ישן, בן קומה אחת, בחצר הכללית. תכנית הלימודים התלת-שנתית של מחלקתו המכאנית-נפחית – המחלקה הראשונה שנפתחה – היתה עיונית ומקצועית-מעשית, ותלמיד שעמד בהצלחה בבחינות בתום הלימודים קיבל תעודה של שוליה, תעודה שאיפשרה לו להתקבל לעבודה במקצוע. עם שגשוגו של בית ספר זה הותאמה תכנית הלימודים שבו לרמה של בית ספר תיכון מקצועי תלת-שנתי הכולל מחלקות למכאניקה, רתכות, נגרות ובניה (1937/38), והוחל בבנית בניין עבורו (מול בניין הגימנסיה העיונית) על כל הציוד המודרני הדרוש (ביום שעמד הבניין להימסר ל"גמנסיה הטכנית" פרצה מלחמת העולם השניה). משנת 1936/37 נקראה החטיבה העליונה של בית הספר – הגימנסיה – על שמו של ד"ר ח. הילפשטיין, שהיה נשיאו של בית הספר משנת 1926, ותרם תרומה נכבדה להרחבתו ולפריחתו.
במישור החינוך הלאומי ציוני התארגנה בין התלמידים, בשנת 1934, תנועת צופים לא מפלגתית "הצופה". הסיבות להקמת התנועה היו, בין השאר: האיסור הכללי על כל התלמידים להשתייך לארגונים שמחוץ למסגרת בית-הספר, חשש של ההורים שהפעילות בארגונים כאלה תסיח את דעת הילדים מהלימודים, וכן הדעה הרווחת שלפיה נחשבה הצופיות הכשרה מצויינת לחיי חלוץ. במשך השנתיים הראשונותצ עמד בראש התנועה התלמיד מ. פלדבלום, שהיה גם הרוח החיה בהפעלתה ובניהולה. תנועת "הצופה" הצליחה לרכז במסגרתה יותר מ-250 תלמידים ותלמידות, ושליחיה ארגנו גם תנועת צופים דומה בגימנסיה היהודית בטרנוב.
החל משנת הלימודים 1933/34 הונהגה רפורמה כללית במוסדות החינוך היסודי והתיכון בפולין, ובעקבותיה השתנה מבנה חטיבות אלה גם בבית הספר העברי: מארבע לשש כיתות בביה"ס היסודי ומשמונה כיתות לארבע כלליות ועוד שנתיים של תיכון (ליצאום) בחטיבה העליונה – בליצאום היו שלושה תחומי התמחות: מגמה הומניסטית, מתמטית-פיסית וביולוגית. במקביל נשתנו תוכניות הלימודים הכלליות בלשון הפולנית, ובית הספר קיבל, ככל בית ספר תיכון בפולין, מספר סידורי משלו – "445". על תלמידי בתי הספר התיכוניים בפולין, בשנים אלה, היה לשאת את מספרו של בית ספרם על השרוול השמאלי של התלבושת האחידה. מספרם של תלמידי כיתות י"א ו-י"ב – ומשנת 1937/38 כיתות א' ו-ב' של הליצאום – היה על רקע אדום ואילו של תלמידי הכיתות הנמוכות יותר היה על רקע כחול.
כביטוי להכרתו של משרד החינוך הפולני ברמת הלימודים הגבוהה בחטיבה התיכונית של בית הספר העניקו לו השלטונות "זכויות מלאות של בתי-הספר התיכוניים הממשלתיים", שתחולתן למן שנת הלימודים 1934/35. הישג זה יש לזקוף לא במעט לכושר הניהול שגילה המנהל הכללי של ביה"ס, ה. שרר, שידע לקדם את המוסד הגדול ובמקביל לשמור על קיום קפדני של "תקנות בתי-הספר" הממשלתיות.
הכרה ברמת הלימודים הנאותה במוסד בלימודי היהדות התקבלה גם מהאוניברסיטה העברית בירושלים, אשר העניקה לבוגרי ביה"ס פטור מבחינות הכניסה בעברית ובמקצועות היהדות, בחינות שהיו חובה לכל מי שבא מחוץ לארץ וביקש להתקבל ללימודים באוניברסיטה.
מספר תלמידים בבית הספר שעמד על כ-1,100 תלמידים בשנים 1934/35-1930/31 הגיע בשנת 1936/37 לכ-1,350 תלמידים, מהם כ-500 בבית הספר העממי, מעל 750 בבית הספר התיכון העיוני וכ-80 בבית הספר למלאכה. בשנת 1938/39 היו כבר מעל 1,400 תלמידים.
בנוסף לתחומי הלימודים והפעילויות שתוארו לעיל היו בבית הספר פעילויות נוספות מגוונות: בשיעורי חובה בביה"ס התיכון, שנקראו "עבודות מעשיות", הוקנתה לבנים מיומנות אלמטרית בנגרות, עיבוד מתכות ועיבוד זכוכית ולבנות – בתפירה, גזירה ושרטוט; בחינוך הטרום-צבאי מטעם המדינה השתתפו בנים מכיתות ט'-י"א, השתתפות חובה, בשיעורי ואימוני "הכנה צבאית" בשעות אחר הצהריים, שעתיים בשבוע, במתקנים צבאיים שבעיר, ועל מסיימי כיתות י"א היה לצאת למחנה צבאי מיוחד למשך שבועיים של אמונים. במסגרת השעות של לימודי חובה לכל כתות ביה"ס התיכון נכללו שמונה תוכניות מוסיקה, בדרך כלל קונצרטים מתקליטים של מוסיקה קלאסית, מלווים בהסבריו המצויינים של המורה ד"ר י. פלדהורן; תלמידי כיתות ח'-י"ב ביקרו מספר פעמים בשנה בהצגות תיאטרון מובחרות שניתנו במיוחד עבור בתי הספר התיכוניים בעיר, בדרך כלל בתיאטרון ע"ש סלובאצקי.
במסגרת פעילויות הרשות התנהלה בבית הספר קשת רחבה של חוגים בתחומים רבים כולל חוג למען "הצלב האדום" הפולני שבמסגרתו עברו גם קורסים להצלה, וחוג "הליגה להגנה אנטי-אווירית" ("ל.או.פ.פ.") – מעין הג"א. תלמידים הרצו "הרצאות רשות" וכתבו "עבודות רשות" בספרות, היסטוריה ובמדעים מדוייקים, בנושאים שלא היו במסגרת תוכנית הלימודים (בספריית בית הספר היו למעלה מ-6,000 ספרים בפולנית, עברית וגרמנית).
תזמורת כלי הנשיפה של בית הספר, שהתמחתה במנגינות לכת ופעלה בביה"ס שנים רבות, תרמה להווי הפנימי של ביה"ס בעת חגיגות ונשפים, וגם להווי ברחוב היהודי בזמן תהלוכות ומפגנים. קשה לתאר את התרוממות הרוח של היהודים שעמדו לאורך רחובות הרובע בשעה שצעדה התזמורת בתהלוכת ל"ג בעומר למגרשו של מועדון הספורט "מכבי", בראש טורי מאות תלמידי ביה"ס, וניגנה את "מארש הדגל" של ביה"ס. רוב גאווה נסכה התזמורת בתושבים היהודים של העיר, שעקבו אחריה כזו צועדת במרכזה העתיק של העיר, בערב חג לאומי פולני, בין לפידים בוערים, ומיטיבה לנגן בין התזמורות הטובות של בתי הספר הממשלתיים.
פעילות התלמידים בבית הספר במסגרת "קהילת התלמידים" התרכזה בהפעלת מועדון תלמידים ("ס'וויטליצה"), שבו פעלו חוגי התחביבים, נערכו ערבי ויכוחים ונשפי ריקודים. "קהילת התלמידים" טיפלה גם בעריכת עיתון קיר, אספקת ספרי לימוד על בסיס השאלה שנתית, ובמתן הלוואות ומלגות לתלמידים מעוטי יכולת באמצעות גוף "עזרה הדדית" ("סאמופומוץ"), שמימן פעולות אלה מתשלומי תלמידי ביה"ס. בין המפעלים בלטו, בנוסף למפעל הקייטנות שנוהל על ידי וועד ההורים, מפעל עזרה למובטלים ולנצרכים בחורף, שבמסגרתו אספו התלמידים תרומות ביגוד, מזון ופחם וחילקום בין הנזקקים, מפעל שמטרתו היתה הקניית הערך של חסכון ועידודו (התלמידים חסכו ב"קופת הדואר לחסכון" – "פ.ק.או."). מפעל נוסף סייע בהענקת הנחות בשכר לימוד לתלמידים מעוטי יכולת ע"י הנהלת בית הספר, ובמספר מקרים ניתן אפילו פטור מלא או מלגות, וזאת בנוסף לסיוע הכספי שהושיט ועד ההורים. בשנת 1936/37 למשל יצאו לקייטנות קיץ כ-300 תלמידים ולמחנות חורף יצאו כ-60 תלמידים, תרומות חולקו לכ-400 נצרכים, ומעל 200 תלמידים חסכו ב"קופת הדואר לחסכון" המלגות בשנה זו נעו בין 50 ל-500 זלוטי (בין 20 ל-100 דולר לפי הערך של אותם ימים).
מימד מיוחד הוסיפו לחיי בית הספר החגיגות השונות והטקסים, והמפגשים עם אישים בולטים בעם היהודי שביקרו במוסד. נשפי חנוכה ופורים, מסיבות ט"ו בשבט, תהלוכות ומפגני ספורט בל"ג בעומר, חגיגות חג הביכורים וציון "יום האם" מזה, והמפגשים עם ח.נ. ביאליק, נ. סוקולוב, פרופ' ה. ברגמן רקטור האוניברסיטה העברית בירושלים מזה, תרמו לאווירה החינוכית ולטיפוחו של ההווי הלאומי-ציוני. גם החגים הממלכתיים הפולניים נחגגו בבית הספר, וצויינו ארועים חשובים בחיי המדינה וההסטוריה הפולנית. התהלוכות בחוצות העיר והשתתפותם של התלמידים בתפילות החגיגיות למען שלום המדינה ב"טמפל" היו ביטוי נוסף ללוייליות ולחינוך לאזרחות טובה שביקש בית הספר להקנות לתלמידיו.
עם התגברות ההתופעות האנטישמיות במוסדות ההשכלה הגבוהה בעיר, בשלהי שנות ה-30, הקימה ההנהלה מסגרת מיוחדת של שעורים ברמה אוניברסיטאית לבוגרי ביה"ס ולצעירים יהודים אחרים שלא נתקבלו או שלא יכלו ללמוד באוניברסיטאות. במתן שיעורים אלה הוחל בשנת הלימודים 1938/39 בכותלי בית הספר, ואילולא פרצה המלחמה יתכן שהיתה מסגרת זו הופכת לחטיבה הרביעית של בית הספר.
נשיאי בית הספר:
מנהלי בית הספר:
1908-1921 שלמה לזר
מר זילברשטיין
1922 ד"ר חיים הילפשטיין
הולצברגר
1923 ד"ר אברהם נוסבאום
ד"ר ל. כהן
1924-1925 ד"ר איזידור קרנגל
הירש צבי שרר 1923-1939
1926-1939 ד"ר חיים הילפשטיין
בין מורי בית הספר נמנו: הירש צבי שרר, ד"ר יוליוש פלדהורן, בן ציון רפפורט, שבח ולקובסקי, נפתלי קויטנר, נחמן מיפלב, ד"ר יואכים מטלמן, ד"ר מנחם שטיין, ד"ר פרוינד ידידיה, לאופולד רוזנר, ד"ר בן ציון כ"ץ, אמיל ולדמן, אלברט רדר, ד"ר שלמה הורוביץ, ד"ר ברוסט, שנברג, טפר, פלשנר, זהבה לינקרם, ישראל רוזנצוייג, עדה פלמן, מאיר בוסאק וצבי קורנברג.
מרבית הנפשות שפעלו בבית הספר: מוריו, תלמידיו ובוגריו, הושמדו בשנות השואה – ומאז מבכים אותם קירות בנייניו.