בשנת 1784 נוסדה העיר פודגוז'ה, על פי צו של הקיסר יוסף ה-II, וקיבלה מעמד של עיר הקיסר. תושבי העיר זכו להקלות רבות, ובעיקר הסוחרים ובעלי המלאכה שבהם, ביניהן: פטור ל-30 שנה מתשלום מיסים, אפשרות לקבל מענק בגובה של 50 זלוטי לרכישת כלי עבודה, אפשרות לרכישת קרקע כדי לבנות עליה את ביתם, וכן רכישה של חומרי הבניה בזול. כל הזכויות הללו לא ניתנו ליהודים, ועל האחרונים חלו מגבלות רבות, ביניהן: אם רצו להיות בעלי נדל"ן במקום היה עליהם להוכיח כי יש בידיהם הון של לפחות 10,000 זלוטי.
בשנת 1825 הגיע מספר התושבים הנוצרים בפודגוז'ה ל-1848 ומספר התושבים היהודים הגיע ל-150 בלבד, בעיקר סוחרים זעירים, ורק מיעוטם בעלי נדל"ן. במהלך השנים הבאות גדלה בהדרגה האוכלוסיה היהודית, ולתוספת נכבדה במספר חבריה זכתה הקהילה ב-1846, עם חיסולה של הרפובליקה הקרקובאית העצמית: בשנת 1867 מנתה הקהילה היהודית כשליש מתושבי המקום, ובשנת 1900 מנתה הקהילה 5,422 איש, בעוד שהאוכלוסיה הנוצרית הגיעה ל-18,155 נפש.
בניגוד ליהודי קרקוב, יהודי פודגוז'ה לא התגוררו ברובע נפרד, ויכולים היו להתגורר בכל שטחי העיר, ללא הגבלה. בתחילה השתייכה הקהילה היהודית במקום לקהילה היהודית בעיר קלסנו (Klasno) שבמחוז ויליצ'קה. יהודי פודגוז'ה לא היו מרוצים מההשתייכות לקהילה זו: לטענתם למרות המיסים הגבוהים ששילמו לוועד הקהילה, לא קיבלו שירותים בהתאם. במחצית השנייה של המאה ה-19 התגבשה קבוצה מיהודי פודגוז'ה, ובראשם יוסף ליבן ומאוחר יותר שמעון דונקלבאום, ששאפו להקים קהילה יהודית נפרדת להם ולשכניהם בעיירות הסמוכות, בצידה הימני של הוויסלה. לבסוף, בשנת 1891 הוקמה קהילה עצמאית במקום, שכללה בנוסף גם את התושבים היהודים של 42 עיירות סמוכות.
לפי החוק הנהוג, היתה הקהילה החדשה צריכה לעמוד בתקופת נסיון, עד לקבלת תקנונה, וכך החלה הקהילה לפעול באוגוסט 1891, כשחברי ההנהלה הזמנית הם: שמעון דונקלבאום, יצחק אלכסנדרוביץ וד"ר שמואל אהרונסון. רק בשנת 1898 אושר התקנון בן 92 הסעיפים, ונבחרה הנהלה בת 8 חברים לתקופה של 6 שנים. בין היתר היו תפקידי הקהילה: ניהול כספי הקהילה על פי תקציב, קבלת עובדים לקהילה, מינוי רב ושוחט, ישוב סכסוכים בין חברי הקהילה וכיו"ב. בעלי זכות בחירה הם גברים בני 24 שנה ומעלה אשר שילמו את מיסיהם לקהילה, ולהבחר יכולים בני שלושים ומעלה שהיו חברים בקהילה לפחות שנתיים. בני 60 ומעלה שבריאותם רופפת או כאלה שכיהנו כבר בוועד הקהילה, פטורים מלבחור. התקנון עסק גם בהסדרת נושא בתי התפילה הפרטיים, שהפעלתם דרשה אישור של שלטונות העיר אשר פיקחה עליהם, למעט אלה שבהם היה ספר תורה, דהיינו, בתי כנסת ובתי תפילה מאושרים. חלקים נכבדים מהתקנון עסקו בצדדים הכלכליים של הקהילה: הכנסות הקהילה היו אמורות להיות ממקורות עצמאיים, כגון תרומות, דמי חבר, מיסים על כשרות ועל קבורה, ותשלום בגין מקום בבית הכנסת.
ב-14 ביוני 1898 התקיימו הבחירות הראשונות להנהלת הקהילה, ושמעון דונקבאום נבחר ליו"ר. בשנת 1891 כלל רכוש הקהילה בית תפילה, בית כנסת ובית קברות (לא היה עדיין מקווה, דבר שנגד את תקנון הקמת קהילה חדשה).
בית התפילה היה ברחוב ברודז'ינסקיגו 14 (Brodzinskiego), באגף ביתו של ליאון שורנשטיין (Leon Schornstein), בסמיכות לגשר שבין קרקוב לפודגוז'ה. היה זה בנין בן שתי קומות ובו שני אולמות תפילה: בקומת הכניסה היה אולם תפילה לגברים, ובקומה הראשונה – לנשים. בתחילה היה זה בית פרטי שנתרם, מאוחר יותר, לשימושה של הקהילה. בתקופה שבין המלחמות נקרא בית התפילה על שמו של קופל שורנשטיין ז"ל.
ב-16.6.1885 החלה פעילותה של אגודת ביקור חולים, שעסקה בטיפול בחולים, וגם לה היה בית תפילה נפרד, בבית שברחוב Limanowskiego 13. בשנת 1887, עוד לפני הקמת הקהילה היהודית הנפרדת לפודגוז'ה, פעל כאן בית תפילה ובית מדרש חסידי, בבית ברחוב Wegierskiego 5, שנבנה בשנים 1876-81 על ידי יאן ארטל, והיה שייך לקהילה החסידית. ידוע כי בשנת 1914 היה שם המקום "בית כנסת צוקר".
הקמת בית קברות נפרד חייבה השקעה כספית גדולה. כבר בשנת 1872 החלו היהודים בנסיונות להעביר את קבורת מתיהם לבית הקברות שבקרקוב, ברחוב מיודבה, וזאת כדי להמנע מהצורך להשתמש בבית הקברות שבקלסנו. 5 שנים מאוחר יותר, ב-1877, הסכימה הקהילה הקרקובאית לאפשר שימוש בבית הקברות שלה, עד שיוקם בית קברות נפרד ליהודי פודגוז'ה. הסדר זה לא נמשך זמן רב, משום שעירית קרקוב אסרה, במחצית שנות השמונים, על מעברן של תהלוכות אבל על גשר נהר הויסלה. וכך, הקהילה נאלצה לחזור ולקבור את מתיה בבית הקברות שבקלסנו, עד לאישור שלטונות פודגוז'ה להקים בית קברות לקהילה. בשנת 1888 הוקם בית הקברות, בשטחי הפריפריה, בגבול עם Wola Duchacka.
ב-1902 אישרה מועצת העיר רכישת שטח אדמה של כ-800 מ"ר מפיוטר הופמן, במטרה לסלול דרך לבית הקברות, אשר מתחילת המאה העשרים נקרא "ירוזולימסקי". ב-15 במאי 1913 החליט ועד הקהילה על הרחבת שטח בית הקברות. הודות לנדיבותו של יוסף ליבן התאפשרה בנייתם של בית לוויות, מקום מגורים לקברנים וגידור שטח בית העלמיון.
בניין בן קומה אחת ומגרש ברחוב Jozefinska 5 נרכש בסכום של 16,000 קורונות; הבנין יועד למשרדי הקהילה ועל המגרש החלו לבנות, בשנת 1893, את המקווה. לבניית המקווה נדרש סכום של 38,000 זלוטי והוא התקבל ממספר מקורות – מיסים לקהילה, החכרת המקווה, וסיוע כספי משלטונות פודגוז'ה וויליצ'קה.
בשנים 1890-1889 הוקמו בקהילה מספר ארגונים: מנחם אבלים, גמילות חסדים, חברה קדישא, מחזיקי חולים, אנשי חייל – ארגון משוחררים, ונושא המתים. הארגון האחרון היה גם בעליו של בית כנסת ברחוב Kalwaryjska 21. גם אנשי ארגון גמילות חסדים התפללו בבית כנסת נפרד, בבית שברחוב Strom 9. באותה עת הוקם, ביוזמתו של ד"ר שמואל אהרונסון, בית תמחוי לילדים, וכן הוקם בשנים 1894-1896 ברחוב Rekawka 30 הבניין ששימש את בית הספר הדתי "תלמוד תורה", שבתוכנית הלימודים שלו נלמדו בנוסף ללימודי החול, גם נושאים הקשורים בדת היהודית.
הקהילה היהודית ביקשה להקים גם בית מטבחיים לשחיטת עופות ובקר, עיסוק שהיה עד אז מוחכר לאנשים פרטיים (כך למשל, בשנת 1885 החוכר היה יצחק אברהם ברחוב Wegierska 203, ושלוש שנים מאוחר יותר היה החוכר משה זיידמן, ברחוב Rekawka 167).
הקהילה היהודית העצמאית הצליחה, בעזרתו של שמחה פרנקל שהיה אחר כך רב הקהילה, לקבל את אישור השלטונות ל"עירוב" בתחום השבת, מה שהקל על הקהילה האורתודוכסית במקום. הקהילה שאפה גם להקים בית חולים יהודי, אך תוכנית זו לא מומשה בשל קשיים כספיים. לעומת זאת הצליחו ראשי הקהילה להוציא לפועל את תוכנית הרחבת המקווה, לשימושן של הנשים.
הקהילה היהודית רצתה לבנות בית כנסת לחבריה, שהתפללו עד כה בבתי מדרש ששכנו בבתים פרטיים. בשנת 1908 קיבלה הקהילה מגרש בגודל של כ-12 דונם, הגובל ממערב בבניין של עמותת הספורט "סוקול", ואף הקצתה 400 קרונות מקרן אברהם קריגר להתחלת הבנייה. מאוחר יותר, כנראה כתוצאה מהחלפת בעלויות על מגרשים, עבר לבעלותה מגרש ברחוב יוזפינסקה 6 (על פי רישומים משנת 1933) ושם אמור היה לקום בית הכנסת. באותה שנה התקבל אישור השלטונות לבניית מוסד לילדי עניים, לרגל חגיגות היובל ה-60 לשלטונו של הקיסר פרנץ יוזף הראשון, וכן התקבל סכום 20,000 קרונות מהשלטונות למטרה זו. בנוסף, באותה שנה החלה בניית בית המטבחיים חדש על מגרש שנרכש ממשה צימרמן, ברחוב Nadwislanskiej 20, ובנייתו הסתיימה ב-1911.
בתקופה שבין שתי מלחמות העולם תפקדו בפודגוז'ה מספר מוסדות דת ומוסדות עזרה, שבחלקם היו גם בתי תפילה. כך, בשנת 1905 החלה פעילותה של אגודת "בני אמונה", מ-1911 פעלה גם אגודת "אנשי אמת", ובבניין שבו שכנה האגודה, ברחוב Wegierskiej 15 , היה גם בית תפילה. בשנת 1929 הקימו יורשיהם של ולף קלוגר ורעייתו שמחה לבית הלברשטם בית כנסת על שמם, ברחוב Rynek Podkorski 3. ובאותה עת פעל גם בית תפילה של הרבי מ-ז'יילין ברחוב קלבריסקה 24, בית כנסת ברחוב קרקוסה 7 ובית תפילה של "בית הכנסת" ברחוב קרקוסה 9.
מ-1932 פעלה אגודת בית תפילה וחדר קריאה של תומכי הרב בן-ציון הלברשטם מ-בובוב, שהיתה הקבוצה הדומיננטית ביותר ביהדות האורתודוכסית של פודגוז'ה, וחבריה התפללו בחדרים שכורים בקומה הראשונה של הבניין ברחוב 7 Wegierskiej .
כבר בשנת 1912, בלחץ השלטון האוסטרי, החלו מגעים בין נציגי הקהילה היהודית בפודגוז'ה לחבריהם בקרקוב בקשר לאיחוד הקהילות. ועדה מיוחדת, בראשותו של נשיא הקהילה הקרקובאית, שמואל טילס (Tilles), היתה אמורה לקבל החלטה בנושא, אך רק בשנת 1919 התקבלה ההחלטה לאחד את שתי הקהילות. האיחוד הושלם למעשה רק ב1- בינואר 1937, ואז מונה ד"ר רפאל לנדאו ליו"ר הקהילה, פייבל סטמפל וד"ר לודוויק שרמאנט כיהנו כממלאי מקומו, והרב שמואל קורניצר היה לרב של קרקוב רבתי. כל עובדי ועד הקהילה היהודית של פודגוז'ה הועסקו על ידי ועד הקהילה הקרקובאית, הכסף שהיה בקופה הועבר אף הוא, וועד הקהילה היהודית הנפרדת של פודגוז'ה חדלה מלהתקיים.
לפי מאמר של ברברה זברויה Żydowska Gmina Wyznaniow w Podgórzu 1891-1939,
תרגום: לילי הבר