תפילתם של יהודי קרקוב היתה שונה מזו של חבריהם במזרח ובמערב גליציה, בהגייה, בלחנים ובביצוע. חשיבות רבה יוחסה להיגוי המדוייק והנכון של המילים, ובעל תפילה היה נדרש להקפדה יתרה על קריאה נכונה בשפה העברית (בלשון אותם ימים ואותו מקום: ה"עברי"). שליח הציבור חייב היה גם להבין את פירושן של המילים, ולבטאן ברגש וברגישות, והקהל גילה חוסר סובלנות למי שגילה בורות באלה.
לחן התפילה של יהודי קרקוב התאפיין ברבגוניות, פאתוס רב ויחד עם זאת פשטות אצילית, לחן שהתבסס על מוטיבים ליטורגיים מסורתיים מחד, ועל מוטיבים עממיים מאידך. יהודי קרקוב היו קפדנים מאד בכל הקשור לדיוק בביצוע הלחנים המסורתיים, ובמיוחד אלו של החגים והמועדים. וכך, יכול היה המתפלל לעבור בין בתי הכנסת ובתי המדרש הרבים בעיר (למעלה מ-150 פעלו בימים שלפני מלחמת העולם השניה), להשוות את הלחנים המסורתיים המתנגנים בפיהם של החזנים ובעלי התפילה למיניהם, ורק בקושי אפשר היה לגלות גוון אישי או שוני בלחנים.
הצורה המקובלת ביותר על שליחי הציבור בקרקוב היה הרצ'יטאטיב הפתיטי, כיאות למי ש"יודע בפני מי הוא עומד", ועם זאת היתה התפילה ספוגת התרפקות וכיסופים. חזן אשר ידע לשלב בין שני יסודות אלו – פאתוס ורגש – היה מקובל על ציבור המתפללים. בניגוד למקובל ברוב קהילות מזרח אירופה, ואצל יהודי ליטא ורוסיה במיוחד, יהודי קרקוב לא רחשו חיבה לנעימה המינורית הבכיינית, ולסלסולים. רבים מהלחנים המסורתיים של יהודי קרקוב נבדלו מלחניהם של יהודי ליטא ורוסיה בכך שנקבעו בסולם המז'ורי או לפחות המעורב – לעומת הסולם המינורי הדומיננטי בליטורגיה של יהודי ליטא. חזן אשר נטל לעצמו רשות להאריך בהברה כלשהי או בסלסולים היה זוכה לביטויי לעג כגון: "מה הוא נאנק כמו יהודיה זקנה?" (ביידיש זה כמובן נשמע יותר טוב).
הנאמנות הקפדנית ללחן המסורתי הקבוע, ובצידה העושר והגיוון הרב בנעימת התפילה, והאיזון בין היסודות המאז'וריים והמינוריים – איפיינו לא רק את שליחי הציבור והמתפללים בבתי הכנסת ובתי המדרש הכלליים והעממיים, אלא גם את המוני החסידים, מתפללי ה"שטיבלך". על אף ההבדלים בנוסח התפילה, אשכנז מול ספרד, ובצורת הפולחן – שליחי הציבור בבתי הכנסת הגדולים ובבתי המדרש הכלליים היו ממעטים בזימרה ובניגונים, ואת הפיוטים המחורזים היו משמיעים בצורת רצ'יטאטיבים ואריות או בעזרת מקהלה. לעומתם היו בעלי התפילה החסידיים מרבים בזמר ובניגונים שלא הותאמו במיוחד לתפילה מסויימת או לפיוט קבוע, ורק השתדלו להתאים את הנעימה לתוכנו ולאופיו של הפיוט.
לפי מאמרו של אריה בראונר ”כך התפללו יהודי קרקוב, מתוך "היהודים בקרקוב, חייה וחורבנה של קהילה עתיקה", בהוצאת ועדת ההנצחה של ארגון יוצאי קרקוב בחיפה, 1981