קרקוב הופצצה כבר ביום הראשון למלחמת העולם השנייה ונכבשה ב-6 בספטמבר 1939, ללא כל התנגדות מהצבא הפולני, וב-26 באוקטובר אותה שנה הוכרזה העיר כבירת הגנרלגוברנמן, והאנס פרנק מונה למושל הגנרלגוברנמן ומושבו – בארמון הוואוול.
כבר עם כניסת הגרמנים לעיר, החלו החיילים הנאצים לגלות את יחסם העוין כלפי יהודים העיר. בתחילת מעשי האיבה כלפי היהודים, הופנו התקיפות במיוחד כלפי היהודים האורתודוכסים, שבלטו בשל חזותם, ובנוסף, החלו יהודים להילקח לעבודות שירות שונות, כגון טאטוא רחובות וכבישים, ניקיון בתי שימוש בבניינים ציבוריים וסבלות.
יחד עם מעשי האלימות וההשפלה, החלו תהליכים כלכליים שונים שנועדו לשדוד את היהודים ובתי העסק שלהם. כבר ב-8 בספטמבר 1939 פורסמו חוקים במסגרתם הוטלו על כל בתי העסק היהודיים חובת סימון במגן דוד, ומשאיות רבות של גרמנים היו מגיעות לעתים לבתי עסק יהודים ווגוזלות את הסחורה, כמובן בחינם. במקביל החלו החיילים הגרמנים לבצע מעשי ביזה בבתים פרטיים.
ב-26 באוקטובר 1939 פורסם צו של ממשלת הגנרלגוברנמן המחייב את כל היהודים, מגיל 12 ועד 60, להתייצב לעבודות כפייה, ובמקביל החלו פעולות חטיפה של יהודים לעבודות אלה.
החל מה-1 בדצמבר 1939 חוייבו כל היהודים לסמן את בגדיהם בסימן היכר יחודי – סרט לבן עם מגן דוד כחול, ומאביב 1940 החלו גזירות נוספות, עוצר לילה על היהודים, איסור נסיעה בחשמליות וברכבות, איסור ביקור במוסדות תרבות שאינם יהודים ועוד.